นิวตันนั้นมีมุมมองต่อพระเจ้าว่าเป็นพระผู้สร้างที่ยิ่งใหญ่ที่ไม่อาจปฏิเสธการดำรงอยู่ของพระองค์ได้เมื่อพิจารณาจากความงดงามในสิ่งต่างๆ ที่ทรงสร้างขึ้น[27] อย่างไรก็ดีเขาปฏิเสธคำวินิจฉัยของ[Wilhelm Leibniz|เลียบนิซ]ที่ว่าพระเจ้าควรจะสร้างโลกที่สมบูรณ์แบบที่ไม่ต้องมีการแทรกแซงจากพระเจ้าอีก. อ้างอิงจากหัวข้อที่ 31 ใน ออปติคส์ นิวตันได้กล่าวข้อโต้แย้งถึงการทรงสร้างและความจำเป็นที่ต้องมีการแทรกแซงไว้ดังนี้:

ในขณะที่ดาวหางต่างมีการเคลื่อนที่เป็นวิถีที่บิดเบี้ยว ชะตากรรมที่ถูกปิดตา ไม่อาจทำให้ดาวเคราะห์ทุกดวงเคลื่อนที่ไปในทิศทางและรูปร่างเดียวกัน บางดวงอาจจะมีรูปร่างที่แปลกบ้างซึ่งก็อาจเกิดจากการแรงกระทำคู่ระหว่างดาวหางและดาวเคราะห์ซึ่งท้ายที่สุดและระบบก็จำเป็นจะต้องได้รับการปฏิรูปใหม่ .[28]

ข้อความดังกล่าวถูกโจมตีทันทีโดยเลียบนิซในจดหมายที่เขาเขียนส่งถึงเพื่อน[of Ansbach|แคโรลีนแห่งอันส์แบค]:

เซอร์ไอแซค นิวตันและเพื่อนของเขานั้นมีแนวความคิดที่แปลกประหลาดมากในเรื่องการทำงานของพระเจ้า. เมื่อพิจารณาจากทฤษฎีของพวกเขา จะพบว่าพระเจ้าผู้ทรงพลังต้องไขลานนาฬิกาบ้างในบางครั้ง เพื่อไม่ให้มันหยุดเดิน ฟังดูราวกับว่าพระเจ้านั้นไม่ได้ทรงหยั่งรู้มันล่วงหน้าถึงไม่ได้สร้างนาฬิกาที่สามารถเดินได้เองตลอดกาล [29]

จดหมายของเลียบนิซนั้นเป็นจุดเริ่มของ [correspondence|การโต้ตอบกันของเลียบนิซ-คลาร์ค], เพื่อนของนิวตันและสาวกของเขาที่ชื่อ[Clarke|ซามูเอล คลาร์ค] ถึงกระนั้นแคโรลีนได้เขียนว่า จดหมายของคลาร์คนั้น"ไม่ได้ถูกเขียนโดยปราศจากคำแนะนำของนิวตัน".[30] คลาร์คได้ตัดพ้อมุมมองเลียบนิซต่อพระเจ้าที่ว่าเป็น "ผู้ที่มีความฉลาดเฉลียวอย่างสูง" และเป็นผู้ที่ "สถาปนาสิ่งต่างๆ ไว้อย่างลงตัว" นั้นเป็นเพียงคำกล่าวที่ใกล้เคียงกับหลักของผู้ที่ไม่เชื่อว่ามีพระเจ้าอยู่จริง "เพราะเมื่อพิจารณาคำดังกล่าวที่แสร้งว่าระบอบการปกครองใดๆ บนโลกนี้สามารถดำเนินไปได้ด้วยตัวมันเองอย่างสมบูรณ์ ปราศจากกษัตริย์ที่คอยสั่งการหรือจัดระเบียบต่างๆ เช่นนั้นแล้วก็เป็นที่น่าจะเชื่อได้ว่าพวกเขาต้องการที่จะตั้งกษัตริย์แยกไว้ต่างหาก ดังนั้นใครก็ตามที่พอใจในสิ่งนี้ที่ว่าสิ่งมีชีวิตบนโลกสามารถดำรงอยู่ได้โดยที่ไม่ต้องพึ่งพิงการชี้นำของพระเจ้า...ปรัชญานี้แท้จริงแล้วในทางปฏิบัติก็คือต้องการขีดกั้นพระเจ้าออกจากโลก".[31]

นอกเหนือจากที่เข้าร่วมมามีส่วนในการปรับปรุงระบบสุริยะ นิวตันได้กล่าวถึงการทำงานของพระเจ้าที่เข้ามาแทรกแซงเพื่อป้องกันดวงดาวต่างๆ ชนกัน และบางครั้งคำกล่าวนี้รวมไปถึงการที่พระเจ้าทรงป้องกันไม่ให้จักรวาลนั้นเสื่อมสลายไปเนื่องจากผลของความหนืดและแรงเสียดทาน.[32] ในการโต้ตอบส่วนตัวนิวตันบางครั้งได้กล่าวเป็นนัยว่าแรงโน้มถ่วงแท้จริงคืออิทธิพลมาจากสิ่งที่ไม่เป็นสสาร:

นี่เป็นสิ่งที่ไม่อาจสามารถเข้าใจได้ว่ามีแรงหรือการกระทำซึ่งมองไม่เห็นที่ทำงานของมันอยู่ที่ส่งผลกระทบต่อสสารโดยที่การกระทำดังกล่าวไม่ได้เป็นปฏิกิริยาแบบสองทาง.[33]

เลียบนิซเยาะเย้ยว่าอิทธิพลที่ไม่ปรากฏดังกล่าวคงจะเป็นการอัศจรรย์ที่เกิดขึ้นอย่างต่อเนื่อง นี่เป็นอีกหัวข้อหนึ่งที่เขาได้โต้เถียงกับคลาร์ค.

มุมมองของนิวตันนั้นกล่าวกันว่าเป็นลัทธิเทวัสนิยมซึ่งเหล่านักเขียนชีวประวัติและนักวิชาการทั้งหลายต่างก็พาให้เขาเป็นนักเทวนิยมผู้ซึ่งได้รับอิทธิพลอย่างสูงจากความเป็นคริสเตียน.[34][35][36][37] อย่างไรก็ดีเขาแตกต่างจากความเป็นเทวนิยมที่เคร่งครัดตรงที่เขาอ้างถึงพระเจ้าว่าเป็นลักษณะทางกายภาพแบบพิเศษที่ควบคุมการเคลื่อนที่ของดาวเคราะห์.[22] เขายังได้เตือนถึงการใช้กฎของแรงโน้มถ่วงที่จะมองจักรวาลว่าเป็นเพียงเครื่องจักรชิ้นหนึ่ง, ดังเช่นนาฬิกาเรือนใหญ่, เขากล่าวว่า:

ความงดงามของระบบที่ประกอบไปด้วยดวงอาทิตย์, ดาวเคราะห์, และเหล่าดาวหางต่างๆ นั้นสามารถดำรงอยู่ได้ด้วยภายใต้การควบคุมของสิ่งมีชีวิตอันชาญฉลาด พระเจ้าเป็นผู้ควบคุมทุกสิ่ง ไม่เพียงแต่เป็นแค่จิตวิญญาณของโลก แต่ยังเป็นองค์พระผู้เป็นเจ้าสำหรับทุกสิ่ง และเนื่องจากการที่พระองค์ปกครองนั้น ท่านจะถูกเรียกว่า "องค์พระผู้เป็นเจ้า" παντοκρατωρ [pantokratōr], หรือ "ผู้ปกครองแห่งสากลโลก". [...] พระเจ้าสูงสุดนี้เป็นผู้ที่ดำรงอยู่นิจนิรันดร์, นิวตันเองก็อาจมีความสนใจในความคิดแบบ[]เช่นกัน เพราะเขาเขียนเกี่ยวกับ[of Daniel|พระธรรมดาเนียล]และ[of Revelation|พระธรรมวิวรณ์]ในหนังสือของเขาชื่อข้อสังเกตต่อคำพยากรณ์จากหนังสือที่เขาเขียนขึ้นในปี 1704 เขาได้อธิบายถึงความพยายามที่จะดึงข้อมูลเชิงวิทยาศาสตร์ออกมาจากไบเบิ้ล โดยเขาคาดการณ์ว่าโลกจะถึงจุดจบในปี 2060. ในการทำนายนี้เขาได้กล่าวว่า "นี่ผมไม่ได้กล่าวว่าเวลาที่สิ้นสุดจะเป็นเมื่อไหร่ แต่เพื่อจะหยุดการคาดเดาไปต่างๆ นานาของพวกที่จินตนาการไปเรื่อยถึงวันที่สิ้นสุดของโลก เพราะการกระทำดังกล่าวได้ลดทอนความน่าเชื่อถือของคำพยากรณ์อันศักดิ์สิทธิ์และบ่อยครั้งคำทำนายของพวกเขาก็ล้มเหลว"[38]

แนวความคิดของนิวตันต่อโลกทางกายภาพได้ให้แบบจำลองที่สมดุลของโลกตามธรรมชาติซึ่งช่วยเสริมความมั่นคงและการประสานกันในสังคมแห่งประชากร[39]